Identificaçăo e validaçăo de marcadores moleculares associados a variaçőes no teor de amilose e temperatura de gelatinizaçăo em grăos de arroz (Oryza sativa L.)

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dc.contributor.advisor-co1Brondani, Cláudio
dc.contributor.advisor1Vianello, Rosana Pereira
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4523999698824309por
dc.creatorOliveira, Leciane Karita de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/4664129325390969por
dc.date.accessioned2015-05-14T13:59:45Z
dc.date.issued2009-06-22
dc.description.abstractThe synthesis of starch involves the interaction a complex cascade of genes. Alterations in these genes can change the final composition of starch and alter the quality of the rice grain after cooking. The quality of grain is influenced by the physico-chemical properties of starch. Through the associative mapping is possible to identify genes related to a quantitative trait and, therefore, using molecular markers of this gene as tools for assisted selection in breeding programs using access genebanks.This work had as objective identify and validate the association between amylose content (TA) and gelatinization temperature (TG) with molecular markers microsatellites and SNP of genes involved in starch metabolic route.Were used 242 accessions of rice core collection of Embrapa Arroz e Feijão, separated according to cropping system upland and lowland.The accessions were also classified for TA, based on the analysis conducted in 2004 and 2005, and TG analysis in 2007. The genetic analyzes were conducted using 36 molecular markers, 7 are those described in the literature, three microsatellite (SSR), 1 Sequence Tagged Sites (STS), 2 cleaved amplified polymorphic Sequence (CAPS) and the set of pairs of F7-F22-R1-R21 primers. The other markers were developed for this work in the Biotechnology laboratory of the Embrapa Arroz e Feijão, 6 markers are based on SSR and 26 SNP.For SSR markers were identified 70 alleles, with an average of 8.75 alleles per locus. The genetic diversity (He) was higher for access to lowland (0.72) compared to accesses with upland, that had a mean of 0.55. Found SNP/Indel 10 markers when the mini core collection was sequenced. The nucleotide diversity was low, with an average of 0.0054. CA-2 marker gene which expresses the enzyme glucose-6-phosphate isomerase, showed the greatest number of polymorphisms, with 9 SNP/Indel. Based on the genetic similarity dendrogram constructed with data from the SSR loci,was found genetic difference in the cropping system and the TA. Nine markers were significantly associated (p <0.05) with one of the characteristics. These six markers were associated with TA. The marker W2R, the waxy gene, was the one that best explained the variation of TA (82%). Eight markers were associated with TG. The F7-F22-R1-R21 together best explained the variation (66%).The factorial correspondence analysis has shown that the set of SSR loci literature together coms developed for this work are efficient in allocating access between TA classes. This work allowed the identification of not random associations between loci and starch characteristics of economic interest. Validating markers described in the literature and new markers, opening new prospects for the use of these markers in the early selection for TA and TG in rice.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-14T13:56:49Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Leciane Karita de Oliveira - 2009.pdf: 1349505 bytes, checksum: a58f21b0ca785ff9609cecb95a16791d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)eng
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dc.description.resumoA síntese do amido envolve vários genes que interagem em cascata. Mutações nestes genes interferem na composição final de amido e consequentemente na composição e qualidade do grão de arroz,pelo fato da composição físico-química do amido ter grande influência nas propriedades do grão. Por meio do mapeamento associativo é possível identificargenes relacionados às características quantitativas e, com isso,utilizar marcadores moleculares destes genes como ferramenta para seleção assistida em programas de melhoramento, que utilizam como base bancos de germoplasma. Este trabalho teve como principal objetivo identificar e validar a associaçăo entre o teor de amilose (TA) e temperatura de gelatinização (TG) com marcadores moleculares microssatélites e SNP de genes envolvidos na rota metabólica do amido. No desenvolvimento do trabalho foram utilizados 242 acessos da coleçăo nuclear de arroz da Embrapa Arroz e Feijão, que estão classificados de acordo com sistema de cultivo sequeiro e irrigado. Os acessos também foram classificados quanto ao TA, de acordo com análise realizada em 2004 e 2005, e à TG,avaliada neste trabalho. Foi construída uma mini coleção com 24 acessos contrastando quanto ao sistema de cultivo e ao TA. Como resultado, foi observado que a maior parte dos 242 acessos possuem TG intermediária, entre 69ºC e 73ºC. Para a análise genética foram utilizados36 marcadores moleculares, destes7estão descritos na literatura, sendo três microssatélite (SSR), 1Sequence Tagged Sites (STS),2Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS) e o conjunto de pares de primers F7-F22-R1-R21.Os outros marcadores foram desenvolvidospara este trabalho no laboratório de biotecnologia da Embrapa Arroz e Feijão, sendoque 6 marcadores sãobaseados em SSR e 26 em SNP. Para o conjunto de marcadores SSR foram identificados 70 alelos, com média de 8,75 alelos por loco.A diversidade genética (He)foi maior para os acessos com sistema de cultivo irrigado (0,72) quando comparado aos acessos com sistema de cultivo sequeiro que tiveram média igual a 0,55. Foram encontrados SNP/Indel em 10 marcadores quando a minicoleção nuclear foi sequenciada.A diversidade nucleotídica foi baixa, com valor médio de 0,0054. O marcador CA-2, do gene que expressa a enzima Glucose-6-phosphate isomerase, apresentou o maior número de polimorfismos, com total de 9 SNP/Indel.Com base no dendrograma de similaridade genética, construído com os dados dos locos SSR, foi posssível diferenciar os acessos quanto ao sistema de cultivo e ao TA.Nove marcadores apresentaram associaçăo significativa (p <0,05) comuma das característicasavaliadas, sendo que seismarcadores foram associados com oTA. O marcador W2R, do gene waxy, foi o que mais explicou a variação de TA (82%). Para TG foiencontrada associação com 8 marcadores, sendo que o conjuntoF7-F22-R1-R21 explicou melhor a variação (66%). A análise fatorial de correspondęncia demostrou que o conjunto de locos SSRda literatura em conjunto coms desenvolvidos para este trabalho são eficientes em discriminar os acessos entre as classes deTA. Este trabalho possibilitou a identificaçãode associaçőes năo aleatórias entre locosecaracterísticas do amido de interesse econômico.Validando marcadores descritos na literatura e marcadores nunca testados,abrindo novas perspectivas quanto ao uso desses marcadores na seleçăo precoce para TA e TGem arroz.por
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationOLIVEIRA, L. K. Identificaçăo e validaçăo de marcadores moleculares associados a variaçőes no teor de amilose e temperatura de gelatinizaçăo em grăos de arroz (Oryza sativa L.). 2009. 98 f. Dissertação (Mestrado em Biologia) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2009.por
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/4519
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspor
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)por
dc.publisher.initialsUFGpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Biologia (ICB)por
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectQualidade de grãopor
dc.subjectBiossíntesepor
dc.subjectAmidopor
dc.subjectColeção nuclearpor
dc.subjectPolimorfismopor
dc.subjectGrain qualityeng
dc.subjectBiosynthesiseng
dc.subjectStarcheng
dc.subjectCore collectioneng
dc.subjectPolymorphismeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICASpor
dc.thumbnail.urlhttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/retrieve/19714/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20-%20Leciane%20Karita%20de%20Oliveira%20-%202009.pdf.jpg*
dc.titleIdentificaçăo e validaçăo de marcadores moleculares associados a variaçőes no teor de amilose e temperatura de gelatinizaçăo em grăos de arroz (Oryza sativa L.)por
dc.title.alternativeIdentification and validation of molecular markers associated with changes in amylose content and gelatinization temperature in grains of rice (Oryza sativa L.).eng
dc.typeDissertaçãopor

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