Estudo da interação plasmodium-hospedeiro via meta-análise de dados públicos de sequenciamento duplo de RNA

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dc.contributor.advisor1Gardinassi, Luiz Gustavo Araújo
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/8922981412535108pt_BR
dc.contributor.referee1Gardinassi, Luiz Gustavo Araújo
dc.contributor.referee2Matteucci, Kely Catarine
dc.contributor.referee3Fonseca, Simone Gonçalves da
dc.creatorSilva, Bárbara Fernandes da
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/5411719070020838pt_BR
dc.date.accessioned2023-08-17T10:38:01Z
dc.date.available2023-08-17T10:38:01Z
dc.date.issued2023-06-29
dc.description.abstractMalaria is a potentially fatal disease caused by Plasmodium parasites transmitted by Anopheles mosquitoes. Infection causes an intense inflammatory response, but the molecular mechanisms of interaction between host and parasite remain largely unknown. Although many studies have been dedicated to understanding the host immune response using RNA sequencing of whole blood from malaria patients, technological advances have enabled an integrative evaluation of both host and parasite transcriptomes. The accumulation of different datasets in public repositories provides an opportunity to uncover the interaction between host and Plasmodium via integrative data analysis. Methods. We evaluated whole blood RNA-seq data from 8 different datasets of individuals with malaria caused by infection with Plasmodium falciparum (Pf). The transcriptomes from humans were transformed to Blood Transcriptional Modules (BTM). Spearman´s correlation method was used to evaluated associations between BTMs and Pf genes. PlasmoDB platform was used to evaluate Pf genes. Results Initially, we selected correlations (p < 0.001) conserved in 60% of the datasets to generate a hostparasite transcriptional network composed, for exemplo, of BTMs related to the activation and response of dendritic cells and myeloid cells, besides of leukocyte differentiation and NK cells. Later, we selected correlations conserved in 75% of the datasets, which revealed a host-parasite transcriptional sub network, in which BTMs are related to monocytes, activation of innate immunity, as well as regulation of inflammation. Moreover, the comparison between the activity of BTMs included in this sub network between individuals with malaria and healthy controls demonstrated the downregulation of genes involved with SMAD2/3 signaling and transcriptional targets of glucocorticoid receptor, while the other BTMs were upregulated, including modules related to monocytes and signaling by TLR, RIG-I and cytosolic DNA sensors. Conclusion. In conclusion, our study identified diverse associations between genes of P. falciparum and gene modules reflecting cells and processes of the human immune response that can be prioritized in experimental assays.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Dayane Basílio (dayanebasilio@ufg.br) on 2023-08-16T15:53:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bárbara Fernandes da Silva - 2023.pdf: 1922889 bytes, checksum: 986f5fde574e57b2cdae569df53dad74 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2023-08-17T10:38:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bárbara Fernandes da Silva - 2023.pdf: 1922889 bytes, checksum: 986f5fde574e57b2cdae569df53dad74 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
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dc.description.resumoA malária é uma doença potencialmente fatal causada por parasitas do gênero Plasmodium, que são transmitidos por mosquitos Anopheles. A infecção causa uma intensa resposta inflamatória, mas os mecanismos moleculares de interação entre hospedeiro e parasita permanecem em grande parte desconhecidos. Embora muitos estudos tenham se dedicado a entender a resposta imune do hospedeiro usando o sequenciamento de RNA de sangue total de pacientes com malária, os avanços tecnológicos permitiram uma avaliação integrativa dos transcriptomas do hospedeiro e do parasita. O acúmulo de diferentes conjuntos de dados em repositórios públicos oferece uma oportunidade de descobrir a interação entre o hospedeiro e o Plasmodium por meio da análise integrativa de dados. Métodos. Avaliamos dados de RNA-seq de sangue total de 8 conjuntos de dados diferentes de indivíduos com malária causada por infecção com Plasmodium falciparum (Pf). Os transcriptomas de humanos foram transformados em Módulos Transcricionais Sanguíneos (BTM). O método de correlação de Spearman foi usado para avaliar associações entre BTMs e genes de Pf. A plataforma de análise PlasmoDB foi usado para avaliar genes de Pf. Resultados. Inicialmente, selecionamos correlações (p < 0.001) conservadas em 60% dos conjuntos de dados para gerar uma rede de interação transcricional parasito-hospedeiro principal composta, por exemplo, de BTMs relativos a ativação e resposta de células dendríticas e células mieloides, além de diferenciação de leucócitos e células NK. Posteriormente, selecionando correlações conservadas em 75% dos conjuntos de dados, que revelou uma sub rede de interação transcricional parasito-hospedeiro, na qual os BTMs são relativos a monócitos, vias de ativação da imunidade inata, assim como vias de regulação da inflamação. Ainda, a comparação da atividade dos BTMs incluídos nesta sub rede entre indivíduos com malária e controles saudáveis demonstrou a regulação negativa de genes envolvidos com sinalização por SMAD2/3 e alvos transcricionais do receptor de glicocorticoide, enquanto os outros BTMs foram regulados positivamente, incluindo os módulos relativos a monócitos e sinalização por TLR, RIG-I e sensores de DNA citoplasmáticos. Conclusão. Em conclusão, nosso estudo identificou diversas associações entre genes de P. falciparum e módulos gênicos refletindo células e processos da resposta imune de humanos que podem ser priorizados em estudos experimentais.pt_BR
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqpt_BR
dc.description.sponsorshipFundação de Apoio à Pesquisapt_BR
dc.description.sponsorshipOutropt_BR
dc.identifier.citationSILVA, B. F. Estudo da interação plasmodium-hospedeiro via meta-análise de dados públicos de sequenciamento duplo de RNA. 2023. 52 f. Dissertação (Mestrado em Medicina Tropical e Saúde Publica) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2023.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/12996
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentInstituto de Patologia Tropical e Saúde Pública - IPTSP (RMG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Medicina Tropical e Saúde Publica (IPTSP)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectMaláriapor
dc.subjectRNA-seq duplopor
dc.subjectIntegração de dadospor
dc.subjectImunidade inatapor
dc.subjectDual RNA-seqeng
dc.subjectData integrationeng
dc.subjectInnate immunityeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIA::ENTOMOLOGIA E MALACOLOGIA DE PARASITOS E VETORESpt_BR
dc.titleEstudo da interação plasmodium-hospedeiro via meta-análise de dados públicos de sequenciamento duplo de RNApt_BR
dc.title.alternativeStudy of plasmodium-host interaction via meta-analysis of public double RNA sequencing dataeng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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Mestrado em Medicina Tropical e Saúde Pública (IPTSP)