Imputação filogenética: uma perspectiva macroecológica

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dc.contributor.advisor-co1Camacho, Crisóforo Fabrício Villalobos
dc.contributor.advisor1Diniz Filho, José Alexandre Felizola
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0706396442417351eng
dc.contributor.referee1Diniz Filho, José Alexandre Felizola
dc.contributor.referee2Nabout, João Carlos
dc.contributor.referee3Ribeiro, Matheus de Souza Lima
dc.contributor.referee4Silva, Daniel de Paiva
dc.contributor.referee5Quental, Tiago Bosisio
dc.creatorJardim, Lucas Lacerda Caldas Zanini
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/6537020596919365eng
dc.date.accessioned2018-10-15T15:25:17Z
dc.date.issued2018-04-27
dc.description.abstractMacroecology studies ecological pattern at large geographical and temporal scales. At these scales, information about hundreds or even thousands of studied species. This lack of information may potentially bias studies’ conclusions related with macroecological processes and patterns. In this thesis, we evaluated phylogenetic imputation methods, their uses and effects in macroecological studies. The first chapter evaluated different methods used to deal with missing data, taking into account different scenarios of species trait evolution, as well as percentage and pattern of missing data. We found that dealing with missing data relies on the specific goals and data of the study. Therefore, we suggested caution while using imputed database. In the second chapter, we tested the island rule effect in body mass and brain volume of primates. To do so, we fitted evolutionary models to those traits and then imputed the body mass and brain volume for Homo floresiensis. We concluded that primates do not follow the island rule and even though our models overestimated, on average, brain and body size of Homo floresiensis, its evolution did not deviate from primates’ evolutionary expectation. Lastly, in the third chapter, we tested existence of Bergmann’s rule in mammals using multiple imputation methods, in addition to considering the consequences of ignoring missing data while testing the rule. We found that ignoring missing data can invert (eg. changing from positive to negative effect) the effect of temperature on body mass, but this bias did not turn the effect statistically significant. Therefore, we concluded that mammals do not follow Bergmann’s rule, when evaluated at the class taxonomic level. Finally, this thesis discussed pros, cons and future research avenues in order to make phylogenetic imputation a more robust tool to deal with missing data in macroecology.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-15T15:02:15Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-15T15:25:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
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dc.description.resumoA macroecologia estuda padrões ecológicos em grandes escalas geográficas e temporais, em busca de quais processos moldam esses padrões. Nessas escalas de estudo, há raramente informações completas sobre as centenas ou até milhares de espécies estudadas. Essa ausência de informações tem o potencial de enviesar as conclusões dos estudos sobre padrões e processos macroecológicos. Nessa tese, nós avaliamos métodos de imputação filogenética, a sua aplicação e consequências em estudos macroecológicos. Para avaliar potenciais vieses do uso de banco de dados imputados, no primeiro capítulo, nós aplicamos diferentes métodos utilizados para tratar dados faltantes, sob diferentes cenários de evolução dos atributos das espécies, porcentagem e padrão dos dados faltantes. Nós encontramos que a forma de tratar o dado faltante pode ser dependente dos objetivos e dos dados de cada estudo e, portanto, nós sugerimos cautela ao utilizarmos bancos de dados imputados. No segundo capítulo, nós testamos o efeito da regra de ilha na evolução da massa corpórea e do volume cerebral de primatas. A partir dos melhores modelos evolutivos ajustados a esses atributos, nós imputamos a massa corpórea e volume cerebral de Homo floresiensis. Nós concluímos que primatas não seguem regra de ilha e que apesar de nossos modelos superestimarem, em média, o tamanho do corpo e cérebro de Homo floresiensis, a sua evolução não se desvia do esperado pela evolução de primatas. Por fim, no terceiro capítulo testamos a regra de Bergmann em mamíferos, utilizando métodos de imputação múltipla e avaliamos as consequências de desconsiderar os dados faltantes na detecção da regra. Nós encontramos que testar a regra sem considerar os dados faltantes pode inverter o efeito da temperatura na massa do corpo, mas esse viés não tornou o efeito estatisticamente significante. Portanto, concluímos que mamíferos não seguem a regra de Bergmann, quando toda a classe é avaliada. Por fim, essa tese discutiu vantagens, desvantagens e futuras linhas de pesquisa para tornar a imputação filogenética uma ferramenta mais robusta para tratarmos dados faltantes em macroecologia.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESeng
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationJARDIM, L. L. C. Z. Imputação filogenética: uma perspectiva macroecológica. 2018. 128 f. Tese (Doutorado em Ecologia e Evolução) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2018.eng
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/8980
dc.languageporeng
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáseng
dc.publisher.countryBrasileng
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)eng
dc.publisher.initialsUFGeng
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Ecologia e Evolução (ICB)eng
dc.rightsAcesso Aberto
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectImputação múltiplapor
dc.subjectImputação filogenéticapor
dc.subjectMacroecologiapor
dc.subjectDados faltantespor
dc.subjectLacuna de conhecimentopor
dc.subjectRegra de Bergmannpor
dc.subjectRegra de ilhaeng
dc.subjectHomo floresiensispor
dc.subjectMultiple imputationeng
dc.subjectPhylogenetic imputationeng
dc.subjectMacroecologyeng
dc.subjectMissing dataeng
dc.subjectBiodiversity knowledge shortfalleng
dc.subjectBergmann’s ruleeng
dc.subjectIsland ruleeng
dc.subjectHomo floresiensiseng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::ECOLOGIAeng
dc.titleImputação filogenética: uma perspectiva macroecológicaeng
dc.title.alternativePhylogenetic imputation: a macroecological perspectiveeng
dc.typeTeseeng

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