Marcadores microssatélites para os genomas nuclear e organelar de amburana cearensis (Allemão) A.C. Smith

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dc.contributor.advisor-co1Mansano, Vidal de Freitas
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5618078551561118pt_BR
dc.contributor.advisor1Soares, Thannya Nascimento
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5590256762396056pt_BR
dc.contributor.referee1Soares, Thannya Nascimento
dc.contributor.referee2Telles, Mariana Pires de Campos
dc.contributor.referee3Vianello, Rosana Pereira
dc.creatorSantos, Laís Souza
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/9501670056221505pt_BR
dc.date.accessioned2022-02-16T10:04:26Z
dc.date.available2022-02-16T10:04:26Z
dc.date.issued2021-08-30
dc.description.abstractAmburana cearensis is a tree species, popularly known in Brazil as cerejeira, widely distributed in Brazil and also in Argentina, Bolivia, Paraguay and Peru. The species is distributed in a range of intense anthropic action and classified as endangered according to the International Union for the Conservation of Nature (IUCN). The economic demand for A. cearensis as a wood source and medicinal source has boosted its predatory exploitation, representing a threat to the survival of the species. In this scenario, conservation genetics is essential for generating knowledge about the genetic diversity of the species and defining appropriate strategies for its conservation and management. The general objective of this work was to design primer pairs with high potential for the development of robust and informative microsatellite markers for the nuclear, chloroplast and mitochondrial genomes of A. cearensis. Moreover, for quickness and cost savings, nuclear microsatellite primer pairs were designed for amplification in multiplex PCR. To achieve the proposed objectives, the genome of A. cearensis was partially sequenced, using the Illumina MiSeq platform. The assembly of the genomic library was performed from the DNA of an individual of the species and the genomic sequences obtained were analyzed using FastQC, Trimmomatic and DipSPAdes software. The search for microsatellite regions was performed using the QDD program. Thirty pairs of primers for nuclear microsatellite regions were designed, organized into five sets for amplification in multiplex PCR. The primer pairs designed in this study have the potential to generate new microsatellite markers with high individual discrimination capacity and transferability to other species of the genus Amburana. These markers can be applied quickly and efficiently for different types of genetic diversity studies of A. cearensis and Amburana genus.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2022-02-05T18:09:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Laís Souza Santos - 2021.pdf: 1575011 bytes, checksum: 27b01a606d5f45ad71e4289a51b12cce (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
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dc.description.resumoAmburana cearensis é uma espécie arbórea, conhecida popularmente como cerejeira, amplamente distribuída no Brasil e na Argentina, Bolívia, Paraguai e Peru. A espécie está distribuída em uma faixa de intensa ação antrópica e classificada como quase ameaçada de extinção de acordo com a União Internacional para a Conservação da Natureza (IUCN). A demanda econômica de A. cearensis como fonte madeireira e fonte medicinal impulsionou a sua exploração predatória, representando uma ameaça à sobrevivência da espécie. Nesse cenário, a genética de conservação é fundamental para a geração de conhecimentos sobre diversidade genética da espécie e definição de estratégias adequadas para a sua conservação e manejo. O objetivo geral deste trabalho foi desenhar pares de primers com alto potencial para o desenvolvimento de marcadores microssatélites robustos e informativos para os genomas nuclear, cloroplastidial e mitocondrial de A. cearensis. Além disso, visando a rapidez e a diminuição dos custos, os pares de primers de microssatélites nucleares foram desenhados para a amplificação em PCR multiplex. Para atingir os objetivos propostos, o genoma de A. cearensis foi parcialmente sequenciado, com o uso da plataforma Illumina MiSeq. A montagem da biblioteca genômica foi realizada a partir do DNA de um indivíduo da espécie e as sequências genômicas obtidas foram analisadas utilizando os softwares FastQC, Trimmomatic e DipSPAdes. A busca de regiões microssatélites foi realizada com o uso do programa QDD. Foram desenhados trinta pares de primers para regiões microssatélites nucleares, organizados em cinco conjuntos para a amplificação em PCR multiplex. Além disso, foram desenhados três pares de primers microssatélites cloroplastidiais e sete mitocondriais. Os pares de primers desenhados no presente estudo apresentam potencial de geração de novos marcadores microssatélites com alta capacidade de discriminação individual e transferibilidade para as outras espécies do gênero Amburana. Estes marcadores poderão ser aplicados de forma rápida e eficiente para os diversos tipos de estudos de diversidade genética de A. cearensis e do gênero Amburana.pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpt_BR
dc.identifier.citationSANTOS, L. S. Marcadores microssatélites para os genomas nuclear e organelar de amburana cearensis (Allemão) A.C. Smith. 2021. 73 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2021.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/11888
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (ICB)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectAmburana cearensispor
dc.subjectMarcadores microssatélitespor
dc.subjectNGSpor
dc.subjectMicrosatellite markerseng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSpt_BR
dc.titleMarcadores microssatélites para os genomas nuclear e organelar de amburana cearensis (Allemão) A.C. Smithpt_BR
dc.title.alternativeMicrosatellite markers for the nuclear and organellar genomes of amburana cearensis (Allemão) A.C. Smitheng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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