Mesma informação, novas aplicações: revisitando primers do gene COI em aves e melhorando a identificação por DNA barcoding

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dc.contributor.advisor-co1Nunes, Rhewter
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/6169806655018346pt_BR
dc.contributor.advisor1Telles, Mariana Pires de Campos
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4648436798023532pt_BR
dc.contributor.referee1Telles, Mariana Pires de Campos
dc.contributor.referee2Braga, Ramilla dos Santos
dc.contributor.referee3Targueta, Cíntia Pelegrineti
dc.creatorMelo, Amanda Alves de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2525968726379320pt_BR
dc.date.accessioned2023-04-03T12:21:46Z
dc.date.available2023-04-03T12:21:46Z
dc.date.issued2021-03-31
dc.description.abstractMolecular identification of species occurs through the comparison of either morphological, biochemical or genetic characteristics. All of these areas of knowledge for delimiting species are connected and should be analyzed as a complement to fill gaps of information of each area. The process of molecular identification of species through comparison of genetic information named DNA barcode consists of analyzing nucleotide sequences of a certain region to compare the differences between species. On the majority of the animals, including birds, the cytochrome c oxidase I (COI) gene is widely used for this purpose and in most cases, it shows the ideal greater variation in its sequence among species rather than within individuals of the same species, providing elucidative information about species differentiation. Choosing primers for a DNA barcode application is a crucial step because it depends on the aim of the study and on the taxonomic group of interest. Primers in silico analysis can evaluate its physicochemical properties, the number of species reached by them and then direct the choice of the best primers for the different research objectives, saving time and money resources. Therefore, this present work aimed to answer questions related to the efficiency of the available primers for the avian COI gene and to the avian mitochondrial genome sequences available in databases: i) What is the taxonomic coverage (number of species) reached by the avian COI gene primers? Are the universal primers actually capable of covering all species?; ii) Which avian orders have the most mitochondrial genome sequences available on the databases and what is its representativeness significance within the total number of species for each order?; iii) Which primers show the ideal physicochemical properties to increase the chances of successful amplification in laboratorial experiments? and; iv) Which primer sets are the most suited to guarantee full species recovery within the avian group?eng
dc.description.provenanceSubmitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2023-03-29T19:49:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Alves de Melo - 2021.pdf: 1693683 bytes, checksum: d10debb42660b842c29a27531b22f071 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2023-04-03T12:21:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Alves de Melo - 2021.pdf: 1693683 bytes, checksum: d10debb42660b842c29a27531b22f071 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2023-04-03T12:21:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Amanda Alves de Melo - 2021.pdf: 1693683 bytes, checksum: d10debb42660b842c29a27531b22f071 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5) Previous issue date: 2021-03-31en
dc.description.resumoA identificação de espécies se dá através da comparação de características morfológicas, bioquímicas ou genéticas. Todas as áreas de conhecimento para a delimitação de espécies estão conectadas e devem ser analisadas de formas complementares para preencher lacunas de informação existentes em cada área. O processo de identificação molecular de espécies por meio da comparação da informação genética denominado DNA barcode consiste na análise da sequência de nucleotídeos de uma determinada região para comparação das diferenças entre as espécies. Na maior parte dos animais, incluindo o grupo das aves, o gene citocromo c oxidase I (COI) é amplamente utilizado para esta finalidade e na maior parte dos casos, apresenta maior variação entre espécies do que a variação dentro dos indivíduos da mesma espécie e fornece informações elucidativas sobre a diferenciação das espécies. A escolha dos primers para uma aplicação de DNA barcode é uma etapa crucial pois depende do objetivo do estudo e do grupo taxonômico em questão. Análises in silico de primers podem avaliar suas propriedades físico-químicas, o número de espécies alcançadas por eles e então direcionar a escolha dos melhores primers para diferentes objetivos de pesquisa, economizando tempo e dinheiro. Desta forma, este presente trabalho buscou responder algumas perguntas relacionadas à eficiência dos primers disponíveis para o gene COI em aves e às sequências genômicas mitocondriais de aves disponíveis em bancos de dados: i) Qual a abrangência taxonômica (número de espécies) alcançada pelos primers do gene COI em aves? Os primers dito como universais conseguem cobrir realmente todas as espécies?; ii) Quais as ordens de aves que possuem mais sequências genômicas mitocondriais disponíveis nos bancos de dados e qual a significância da representação destas sequências dentro do número total de espécies das ordens?; iii) Quais primers apresentam as condições físico-químicas ideais para aumentar as chances de uma amplificação de sucesso em experimentos laboratoriais? e; iv) Quais os conjuntos de primers são os mais apropriados para garantir a cobertura total das espécies de aves?pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpt_BR
dc.identifier.citationMELO, A. A. Mesma informação, novas aplicações: revisitando primers do gene COI em aves e melhorando a identificação por DNA barcoding. 2021. 78 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2021.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/12704
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RMG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (ICB)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectCOIpor
dc.subjectTráficopor
dc.subjectConservaçãopor
dc.subjectDNA barcodepor
dc.subjectForensepor
dc.subjectIn silicoeng
dc.subjectPCReng
dc.subjectTrafficeng
dc.subjectConservationeng
dc.subjectForensicseng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSpt_BR
dc.titleMesma informação, novas aplicações: revisitando primers do gene COI em aves e melhorando a identificação por DNA barcodingpt_BR
dc.title.alternativeSame information, new applications: revisiting primers for the avian COI gene and improving DNA barcoding identificationeng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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