Variação da energia livre na hidratação de séries homólogas de poliol, glicina e peptídeos ANK usando modelos contínuo e discreto de solvente

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dc.contributor.advisor-co1Fileti, Eudes Eterno
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5294929829300325eng
dc.contributor.advisor1Fonseca, Tertius Lima da
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/8193800922148980eng
dc.contributor.referee1Fonseca, Tertius Lima da
dc.contributor.referee2Moreno, Roberto Rivelino de Melo
dc.contributor.referee3Fujimoto , Milton Massumi
dc.contributor.referee4Vale, Renato Pessoa
dc.contributor.referee5Silva, Ladir Cândido da
dc.creatorAbreu, Leonardo Martins de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2299413592736077eng
dc.date.accessioned2017-07-10T13:08:28Z
dc.date.issued2017-05-12
dc.description.abstractUsing continuum and discrete solvent description models, we have investigated the chain length dependence of hydration free energy of polyol, glycine and ANK peptides. In this work this property values were calculated using thermodynamics integration with classical molecular dynamics simulation of one solute molecule to around 1000 solvent molecules. In addition, hydration free energy of polyol, glycine and ANK peptides were also calculated using polarizable continuum model in combination with the universal solvation model. Dipole moment and linear polarizability of the three systems had been also calculate using the PCM method. Our MD results show that ΔG exhibit a linear pattern with the size of glycine and ANK chain as well as observed for organic compounds in literature. In opposition, polyol’s ΔG shows a nonlinear behavior with increasing chain length and for this group of molecules it were found that water solvating effects have an important role over the polyol’s electric properties. These results suggest that in the case of polyols not only variation of polarizability but also variations of dipole moment in going from vacuum to water can influence the behavior of the free energy of hydration. All DM and PCM calculations were performed using the GROMACS 4.5 and the GAUSSIAN09 programs, respectively.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-06-21T12:08:58Z No. of bitstreams: 2 Tese - Leonardo Martins de Abreu - 2017.pdf: 3441219 bytes, checksum: 28d75017e1ff1cdccf27de35d71771ea (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-07-10T13:08:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Leonardo Martins de Abreu - 2017.pdf: 3441219 bytes, checksum: 28d75017e1ff1cdccf27de35d71771ea (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2017-07-10T13:08:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Leonardo Martins de Abreu - 2017.pdf: 3441219 bytes, checksum: 28d75017e1ff1cdccf27de35d71771ea (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-05-12eng
dc.description.resumoUtilizando modelos contínuo e discreto de descrição de solventes investigamos o comportamento da variação da energia livre na hidratação de series homólogas de poliol, glicina e peptídeos ANK. Neste trabalho os valores da energia de hidratação foram obtidos por integração termodinâmica utilizando simulações de dinâmica molecular clássica em sistemas com uma molécula de soluto para aproximadamente 1000 moléculas de solvente. Adicionalmente, o s resultados de ΔG foram obtidos utilizando o modelo contínuo polarizável combinado com o modelo de solvatação universal. Com o modelo PCM estudamos ainda o momento de dipolo e a polarizabilidade linear destes sistemas em questão e analisamos as contribuições que estas propriedades tem sobre a energia livre de hidratação e sua evolução com o crescimento de sistemas. Os resultados obtidos mostram que a variação da energia livre em função do número de resíduos cresce em valor absoluto para os três sistemas estudados. Para as moléculas de glicina e de peptídeos ANK observa-se um comportamento linear de ΔG com o número N de subunidades do sistema, semelhante ao observado para sistemas moleculares apresentados na literatura. Diferentemente, para as moléculas de poliol, os resultamos de ΔG exibem um comportamento não linear com o crescimento do sistema. Para esse grupo de moléculas inclusão do solvente tem grande impacto sobre o momento de dipolo e sobre a polarizabilidade linear. Este resultado mostra que para as moléculas de poliol não apenas a polarizabilidade, mas também variações no momento de dipolo podem influenciar o comportamento da energia livre de hidratação. Todos os cálculos foram realizados utilizando o programa GROMACS 4.5.4 e GAUSSIAN09.eng
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqeng
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationABREU, L. M. Variação da energia livre na hidratação de séries homólogas de poliol, glicina e peptídeos ANK usando modelos contínuo e discreto de solvente. 2017. 107 f. Tese (Doutorado em Fisica) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2017.eng
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/7544
dc.languageporeng
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáseng
dc.publisher.countryBrasileng
dc.publisher.departmentInstituto de Física - IF (RG)eng
dc.publisher.initialsUFGeng
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Fisica (IF)eng
dc.rightsAcesso Aberto
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectEnergia livre de hidrataçãopor
dc.subjectPoliolpor
dc.subjectGlicinapor
dc.subjectPeptídeos ANKpor
dc.subjectHydration free energyeng
dc.subjectPolyoleng
dc.subjectGlycineeng
dc.subjectANK peptideseng
dc.subject.cnpqCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICAeng
dc.titleVariação da energia livre na hidratação de séries homólogas de poliol, glicina e peptídeos ANK usando modelos contínuo e discreto de solventeeng
dc.title.alternativeHydration free energy in homologous series of polyol, glycine and ANK peptides using continuum and discrete solvent modelseng
dc.typeTeseeng

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