Avaliação de critérios de compatibilidade entre pares de primers para otimização de sistemas multiplex de genotipagem

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dc.contributor.advisor1COELHO, Alexandre Siqueira Guedes
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0840926305216925por
dc.creatorBARBOSA, Ana Clara de Oliveira Ferraz
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/7632220212904480por
dc.date.accessioned2014-07-29T15:16:37Z
dc.date.available2010-08-16
dc.date.issued2010-01-12
dc.description.abstractThe progress of Molecular Biology and Genetics provided the appearance of several molecular markers that detect the genetic polymorphism directly at DNA. Among these markers are the microsatellites (SSR), which are distinguished by their high degree of polymorphism. The use of these markers for individual genotyping has evolved into multiplex systems, which allow many SSR fragments to be detected and analyzed simultaneously. Currently there are several articles in literature discussing the criteria to be used in the primer design for use in PCR, as well as various softwares are available for this end. However, there are few studies and tools for the analysis of compatibility between pairs of primers for use in multiplex systems, where multiple fragments are simultaneously amplified using PCR. This paper evaluated different criteria for compatibility between pairs of primers. A set of 74 combinations of pairs of primers, involving the amplification of 94 SSR loci were evaluated in duplex systems. The same combinations were evaluated according to different criteria, including the degree of complementarity between primers, the magnitude of differences of denaturation temperatures (Tm) and the tendency to annealing between pairs of primers based on the Gibbs free energy resulting from the association between them. The comparison between the different criteria allowed the identification of a set of criteria with positive predictive value equal to 94%. These criteria were implemented for use in a software called Multiplexer, which from the analysis in sequence of pairs of primers, suggests compatible combinations for use in multiplex genotyping systems. Using this tool can significantly reduce the costs related to laboratory activities for genotyping using PCR.eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2014-07-29T15:16:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaClaraferraz.pdf: 1870286 bytes, checksum: d17e1fe96ee32ca1852c51743beff160 (MD5) Previous issue date: 2010-01-12eng
dc.description.resumoOs avanços da Biologia Molecular e da Genética proporcionaram o surgimento de diversos marcadores moleculares que detectam o polimorfismo genético diretamente no DNA. Entre estes marcadores se encontram os microssatélites (SSR), que se destacam pelo seu elevado grau de polimorfismo. O uso desses marcadores para fins de genotipagem individual tem evoluído para sistemas multiplex, os quais permitem que vários fragmentos SSR sejam detectados e analisados simultaneamente. Atualmente são abundantes na literatura artigos que discutem os critérios a serem utilizados no desenho de pares de primers para aplicação em PCR, bem como estão disponíveis diversos softwares para este fim. No entanto, ainda são escassos os estudos e ferramentas destinados à análise de compatibilidade entre pares de primers para aplicação em sistemas multiplex, onde vários fragmentos são amplificados simultaneamente por PCR. Neste trabalho são avaliados diferentes critérios de compatibilidade entre pares de primers. Um conjunto de 74 combinações de pares de primers, envolvendo a amplificação de 94 locos SSR foram avaliados em sistemas duplex. As mesmas combinações foram avaliadas segundo diferentes critérios, incluindo o grau de complementariedade entre primers, magnitude das diferenças de temperaturas de desnaturação (Tm) e a tendência ao anelamento entre pares de primers com base na energia livre de Gibbs resultante da associação entre eles. A comparação entre os diferentes critérios permitiu a identificação de um conjunto de critérios com valor preditivo positivo igual a 94%. Estes critérios foram implementados para utilização em um software denominado Multiplexer, que a partir da análise de sequências de pares de primers, sugere combinações compatíveis para a utilização em sistemas de genotipagem multiplex. O uso dessa ferramenta pode reduzir consideravelmente os custos laboratoriais relativos às atividades de genotipagem utilizando PCR.por
dc.formatapplication/pdfpor
dc.identifier.citationBARBOSA, Ana Clara de Oliveira Ferraz. Evaluation of compatibility criteria among primers pairs for optimizing multiplex genotyping systems. 2010. 77 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biolóicas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2010.por
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1291
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspor
dc.publisher.countryBRpor
dc.publisher.departmentCiências Biolóicaspor
dc.publisher.initialsUFGpor
dc.publisher.programMestrado em Biologiapor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.subjectmarcadores molecularespor
dc.subjectmicrossatélitespor
dc.subjectgenotipagempor
dc.subjectmultiplexpor
dc.subjectmultiplexerpor
dc.subjectmolecular markerseng
dc.subjectmicrosatelliteseng
dc.subjectgenotypingeng
dc.subjectmultiplexeng
dc.subjectmultiplexereng
dc.subject1.Marcadores moleculares 2.microssatélites 3.Genotipagem 4.Multiplex 5.Multiplexerpor
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARpor
dc.thumbnail.urlhttp://repositorio.bc.ufg.br/TEDE/retrieve/4058/AnaClaraferraz.pdf.jpg*
dc.titleAvaliação de critérios de compatibilidade entre pares de primers para otimização de sistemas multiplex de genotipagempor
dc.title.alternativeEvaluation of compatibility criteria among primers pairs for optimizing multiplex genotyping systemseng
dc.typeDissertaçãopor

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