Expressão gênica diferencial de quatro espécies da Aliança Tabebuia em resposta ao deficit hídrico

Página do item simplificado
dc.contributor.advisor1Novaes, Evandro
dc.contributor.advisor1Latteshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4704901A5por
dc.contributor.referee1Coelho , Alexandro Siqueira Guedes
dc.contributor.referee2Brondani, Claudio
dc.contributor.referee3Novaes, Evandro
dc.creatorSobreiro, Mariane Brom
dc.creator.Latteshttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4478723Z3por
dc.date.accessioned2017-04-25T15:12:31Z
dc.date.issued2017-03-10
dc.description.abstractConsidering the rate of increase in average annual temperature and the seasonality of rainfall in several regions of the country, investigations on the mechanisms of plant’s response to low water availability become relevant. Tabebuia Alliance species - monophyletic clade of the Bignoniaceae family are commonly known as ipe – are distribuited in areas with different soil and climatic conditions. This feature makes them an interesting model to understand mechanisms tolerance’s to abiotic stresses. For each species there were two groups: control group, which had maintained irrigation; low water availability group, which irrigation was stopped and the experiment continued until the subtrate reached 40% of field capacity. The main objective of this work was to identify differentially expressed genes (DEG) in four species - two from the Brazilian savannah (T. aurea and Handroanthus ochraceus) and two from seasonally dry forests (H. impetiginosus and H. serratifolius). Then, RNA was extracted from the plants for sequencing on the Illumina platform with paired-end sequences of 100 base pairs (bp). Sequences were evaluated for quality control and mapped onto the genome of H. impetiginosus to identify DEG using the R software. The DGEs obtained by DESeq2 were subjected to functional enrichment analysis and potential changes in the level of expression of genes encoding enzymes of particular metabolic pathways. In all tools, H. serratifolius species showed the highest number of DGE (4908 noDESeq2), while H. ochraceus had the lowest number of DGE (6 in DESeq2). Functional enrichment analyzes demonstrated that the species presented, individually or collectively, typical responses of low water availability such as decrease of photosynthetic rate, increase of proline and increase of starch degradation. Although species share some responses, the complexity of organisms does not allow them to exhibit identical behaviors.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-25T15:11:49Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariane Brom Sobreiro - 2017.pdf: 16013047 bytes, checksum: 6d41859718e06adc6294f5de038bc631 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-25T15:12:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariane Brom Sobreiro - 2017.pdf: 16013047 bytes, checksum: 6d41859718e06adc6294f5de038bc631 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2017-04-25T15:12:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mariane Brom Sobreiro - 2017.pdf: 16013047 bytes, checksum: 6d41859718e06adc6294f5de038bc631 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-10eng
dc.description.resumoConsiderando-se o aumento crescente da temperatura média anual e a sazonalidade das chuvas em diversas regiões do país, investigações acerca dos mecanismos de resposta vegetais à baixa disponibilidade hídrica tornam-se pertinentes. Espécies da Aliança Tabebuia – clado monofilético da família Bignoniaceae são comumente conhecidas como ipê – possuem uma ampla distribuição, ocupando áreas com diferentes condições edafoclimáticas. Esta característica torna-as um modelo interessante para se entender os mecanismos de tolerância a estresses abióticos. Sob este cenário, o presente trabalho teve como principal objetivo a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) em quatro espécies – das quais duas são de cerrado stricto sensu (T. aurea e Handroanthus ochraceus) e duas de floresta estacional (H. impetiginosus e H. serratifolius). Para cada espécie houve dois grupos experimentais: grupo controle, o qual teve a irrigação mantida; grupo de baixa disponibilidade hídrica, o qual a irrigação foi interrompida e o experimento mantido até que o subtrato atingisse 40% da capacidade de campo. Em seguida, extraiu-se o RNA das plantas para sequencimento em plataforma Illumina com sequências do tipo “paired-end” de 100 pares de base (pb). As sequências foram avaliadas para o controle de qualidade e alinhadas no genoma de H. impetiginosus para identificação de genes diferencialmente expressos (GDEs) com o uso de pacotes do R. Os GDEs obtidos pelo DESeq2 foram submetidos a análise de enriquecimento funcional e potenciais alterações no nível de expressão de genes que codificam enzimas de determinadas vias metabólicas. Em todas as ferramentas, a espécie H. serratifolius apresentou o maior número de GDEs (4908 noDESeq2), enquanto H. ochraceus apresentou o menor número de GDEs (6 no DESeq2). As análises de enriquecimento funcional demonstraram que as espécies apresentaram, individual ou coletivamente, respostas típicas de baixa disponibilidade hídrica como diminuição de taxa fotossintética, aumento de prolina e aumento da degradação de amido. Ainda que as espécies compartilhem algumas respostas, a complexidade dos organismos não permite que exibam comportamentos idênticos.por
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpor
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationSOBREIRO, M. B. Expressão gênica diferencial de quatro espécies da Aliança Tabebuia em resposta ao deficit hídrico. 2017. 55 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2017.por
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/7212
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspor
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)por
dc.publisher.initialsUFGpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecularpor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectEstresse hídricopor
dc.subjectHandroanthus impetiginosuspor
dc.subjectHandroanthus ochraceuspor
dc.subjectHandroanthus serratifoliuspor
dc.subjectIpêpor
dc.subjectRNA-seqpor
dc.subjectTabebuia aureapor
dc.subjectDrought stresseng
dc.subjectHandroanthus ochraceuseng
dc.subjectHandroanthus impetiginosuseng
dc.subjectHandroanthus serratifoliuseng
dc.subjectIpeeng
dc.subjectRNA-seqeng
dc.subjectTabebuia aureaeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERALpor
dc.titleExpressão gênica diferencial de quatro espécies da Aliança Tabebuia em resposta ao deficit hídricopor
dc.title.alternativeDifferential gene expression of four Tabebuia Alliance species in response to water deficiteng
dc.typeDissertaçãopor

Arquivos

Pacote Original
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Nenhuma Miniatura disponível
Nome:
Dissertação - Mariane Brom Sobreiro - 2017.pdf
Tamanho:
15.27 MB
Formato:
Adobe Portable Document Format
Descrição:
Baixar
Licença do Pacote
Agora exibindo 1 - 1 de 1
Nenhuma Miniatura disponível
Nome:
license.txt
Tamanho:
2.11 KB
Formato:
Item-specific license agreed upon to submission
Descrição:
Baixar

Coleções

Mestrado em Genética e Biologia Molecular (ICB)