Modelagem de membranas peptídicas formadas por arginina e fenilalanina usando dinâmica molecular

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dc.contributor.advisor1Oliveira, Guilherme Colherinhas de
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0171051425848743pt_BR
dc.contributor.referee1Oliveira, Guilherme Colherinhas De
dc.contributor.referee2Almeida, Agnaldo Rosa de
dc.contributor.referee3Cardoso, Wesley Bueno
dc.creatorSoares, Karinna Mendanha
dc.creator.Latteshttps://lattes.cnpq.br/6554649578665648pt_BR
dc.date.accessioned2023-04-27T10:35:07Z
dc.date.available2023-04-27T10:35:07Z
dc.date.issued2023-03-08
dc.description.abstractThe use of computational resources for modeling organic nanostructures from peptides has a potential to elucidate fundamental characteristics that guide molecular interactions and that collaborate with the understanding of the selfassembly process of these materials. In this study, we describe a structural and energetic study of a membrane using molecular dynamics. Our simulations were carried out by exploring three ways of juxtaposition between the peptides that shape the organic nanostructure. The simulations also shows that the three forms of organization are viable during the self-assembly process leading to similar structures. Our studies reinforce the importance of hydrogen bond and the correct modeling of the hydrophobic and hydrophilic structure of the peptide in the nanomembrane idealization process (especially bola-amphiphilic peptide). For membrane thickness, our results obtained from the mass density profile were 2,28; 2,25 and 2,22 nm. From the surface mapping we found the results 2,47; 2,14 and 2,32 nm, that differs by up to 2,36 nm from the experimental result of 3,2 – 4,5 nm. This led us to adopt a bilayer model in which the results highlight an average thickness of 3,95 nm indicating that the experimental results may be indicate the presence of structures bilayers model and not monolayers.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Dayane Basílio (dayanebasilio@ufg.br) on 2023-04-26T13:19:36Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karinna Mendanha Soares - 2023.pdf: 29541766 bytes, checksum: 90d8da52896eefd9ebdf71f8ff9eff13 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2023-04-27T10:35:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karinna Mendanha Soares - 2023.pdf: 29541766 bytes, checksum: 90d8da52896eefd9ebdf71f8ff9eff13 (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
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dc.description.resumoA utilização de recursos computacionais para modelagem de nanoestruturas orgânicas, a partir de peptídeos, tem potencial para elucidar características fundamentais que orientam as interações moleculares e que colaboram com o entendimento do processo de automontagem desses materiais. Neste trabalho, desenvolvemos um estudo de modelagem computacional para obter propriedades estruturais e energéticas de uma membrana formada por peptídeos usando dinâmica molecular. Nossas simulações foram realizadas explorando três formas de justaposição entre os peptídeos que moldam a nanoestrutura orgânica. Elas mostram que as três formas de organização são viáveis durante o processo de automontagem levando a estruturas semelhantes. Nossos resultados reforçam a importância das ligações de hidrogênio e a correta modelagem da estrutura hidrofóbica e hidrofílica do peptídeo no processo de modelagem de nanomembranas (especialmente peptídeos do tipo bola-anfifílico). Para a espessura da membrana, nossos resultados, obtidos a partir do perfil de densidade de massa foram iguais a 2,28; 2,25 e 2,22 nm. Já a partir do mapeamento da superfície encontramos resultados iguais a 2,47; 2,14 e 2,32 nm, que difere em até 2,36 nm do resultado experimental de 3,2 − 4,5 nm. Isso nos levou a adotar um modelo de bicamada, na qual os resultados destacam uma espessura média de 3,95 nm indicando que os resultados experimentais podem, então, estar indicando a presença de estruturas de bicamada e não de monocamadas.pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpt_BR
dc.identifier.citationMENDANHA, K. Modelagem de membranas peptídicas formadas por arginina e fenilalanina usando dinâmica molecular. 2023. 72 f. Dissertação (Mestrado em Fisica) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2023.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/12789
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentInstituto de Física - IF (RMG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Fisica (IF)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectDinâmica molecularpor
dc.subjectPeptídeopor
dc.subjectHidrofilicidadepor
dc.subjectLigações de hidrogêniopor
dc.subjectTempo de vida de LHspor
dc.subjectMolecular dynamicseng
dc.subjectPeptideeng
dc.subjectHydrophilicityeng
dc.subjectH-bondeng
dc.subjectHB-lifetimeeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICA::FISICA ATOMICA E MOLECULAR::ESTUDOS DE ATOMOS E MOLECULAS ESPECIAISpt_BR
dc.titleModelagem de membranas peptídicas formadas por arginina e fenilalanina usando dinâmica molecularpt_BR
dc.title.alternativeModeling of peptide membranes formed by arginine and phenylalanine using molecular dynamicseng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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