Genômica populacional de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea

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dc.contributor.advisor1Novaes, Evandro
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0568272239145336eng
dc.contributor.referee1Collevatti, Rosane Garcia
dc.contributor.referee2Silva, Daniela de Melo e
dc.contributor.referee3Lima, Natácia Evangelista de
dc.creatorVieira, Lucas Donizetti
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/7871945722464657eng
dc.date.accessioned2018-04-09T14:44:18Z
dc.date.issued2018-03-09
dc.description.abstractPopulation genomics studies in Neotropical species are scarce, however, they are of great importance for the understanding of the neutral and adaptive variations, in order to develop strategies of management and conservation for the species. In this context our objective was to verify the role of natural selection in the distribution of populations diversity in Handroanthus serratifolius and Tabebuia aurea. Here, we study population genomics based in sequence capture using 24,751 pre-developed probes. For H serratifolius were sampled c. 64,000 SNPs in 144 individuals from 16 populations. For T aurea were sampled c. 18,000 SNPs in 48 individuals from 6 populations. Genetic differentiation was high (FST = 0.194, p <0.001) in H. serratifolius and intermediate (FST = 0.144, p <0.001) in T. aurea. The inbreeding coefficient was low in both species, however, in three populations of H. serratifolius it was intermediate or high. The genetic structure of populations presented two genetic groups for the populations sampled in the two species. H. serratifolius with high genetic differentiation and T. aurea with admixture in all populations. We did not find SNPs outliers in the distribution of FST values, due to the wide distribution of values found for the populations of the two species. In the search for correlation between environmental variables and changes in allelic frequency H. serratifolius presented only three SNPs, inside six genes and T. aurea presented 16 SNPs, inside 25 genes. The functional annotation of these genes showed relationship with molecular processes, transposable elements and one in T. aurea related to resistance to diseases. In conclusion, our data show a selection signal in H. serratifolius for only three loci with local adaptation signal. In T. aurea our data show a greater number of locos (16 locos) with local adaptation signal.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-04-09T14:42:24Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Donizetti Vieira - 2018.pdf: 2934046 bytes, checksum: 50730e1b6711826aafed66d22a56852f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
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dc.description.resumoEstudos de genômica de populações em espécies Neotropicais são escassos, no entanto, apresentam grande importância para o entendimento das variações neutras e adaptativas, a fim de desenvolver estratégias de manejo e conservação das espécies. Nesse contexto nosso objetivo foi verificar o papel da seleção natural na distribuição da diversidade de populações de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea. Aqui, nós estudamos a genômica de populações baseado em sequence capture utilizando 24.751 sondas previamente desenvolvidas. Para H serratifolius foram amostrados c. 64.000 SNPs em 144 indivíduos de 16 populações. Para T aurea foram amostrados c. 18.000 SNPs em 48 indivíduos de 6 populações. A diferenciação genética foi alta (FST = 0,194, p < 0,001) em H. serratifolius e intermediária (FST = 0,144, p < 0,001) em T. aurea. O coeficiente de endogamia foi baixo nas duas espécies, no entanto, em três populações de H. serratifolius foi intermediária ou alta. A estrutura genética das populações apresentou dois grupos genéticos para as populações amostradas nas duas espécies. H. serratifolius com alta diferenciação genética e T. aurea com mistura em todas as populações. Nós não encontramos SNPs outliers na distribuição de valores de FST, devido a ampla distribuição de valores encontrada para as populações das duas espécies. Na busca por correlação entre variáveis ambientais e mudanças na frequência alélica H. serratifolius apresentou apenas três SNPs, presentes em seis genes e T. aurea apresentou 16 SNPs, presentes em 25 genes. A anotação funcional desses genes mostrou relação com processos moleculares, elementos transponíveis e um em T. aurea ligado a resistência a doenças. Concluindo, nossos dados apresentam sinal de seleção em H. serratifolius para apenas três locos com sinal de adaptação local. Em T. aurea nossos dados mostram maior número de locos (16 locos) com sinal de adaptação local.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESeng
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationVIEIRA, L. D. Genômica populacional de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea. 2018. 46 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2018.eng
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/8320
dc.languageporeng
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáseng
dc.publisher.countryBrasileng
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)eng
dc.publisher.initialsUFGeng
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (ICB)eng
dc.rightsAcesso Aberto
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectHandroanthus serratifoliuspor
dc.subjectTabebuia aureapor
dc.subjectGenômica populacionalpor
dc.subjectIpê amarelopor
dc.subjectHandroanthus serratifoliuseng
dc.subjectTabebuia aureaeng
dc.subjectPopulation genomicseng
dc.subjectYellow ipeeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICAeng
dc.titleGenômica populacional de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aureaeng
dc.title.alternativePopulation genomics of Handroanthus serratifolius and Tabebuia aureaeng
dc.typeDissertaçãoeng

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