Caracterização funcional de proteínas hipotéticas do fungo patogênico humano Paracoccidioides sp.

dc.contributor.advisor1Salem-Izacc, Silvia Maria
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5542866107144940eng
dc.contributor.referee1Salem-Izacc, Silvia Maria
dc.contributor.referee2Novaes, Evandro
dc.contributor.referee3Brito, Wesley
dc.contributor.referee4Borges, Clayton Luiz
dc.contributor.referee5Georg, Raphaela de Castro
dc.creatorSilva, Paula Francinete Faustino
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/6239138044470168eng
dc.date.accessioned2015-02-19T14:26:50Z
dc.date.issued2014-04-30
dc.description.abstractNearly 60% of the Paracoccidioides genes encode proteins annotated as hypothetical proteins or predicted proteins (HPs). Transcriptomes studies revealed 2364 HPs expressed in mycelium and yeast form; during the transition from mycelium to yeast; and under conditions that mimic the infection pathway. In this study, we describe a global detection and functional inference for the HPs in Paracoccidioides. For these analysis we used computational methods based on sequence similarity, search for targeting signals, presence of known protein domains and also a functional classification based on Gene Ontology. Our analysis allowed the HPs to be classified into different functional categories such as metabolism, organelle organization, cell communication, protein localization, cell cycle, signaling and cell differentiation. We also performed a functional enrichment analysis of the transcripts expressed under different growth conditions. The best represented functional domains are those involved in the regulation of gene expression, suggesting that these HPs may be involved in regulation of the gene response and adaptation. The transcriptional profiling of six HPs confirms that they are highly expressed in the presence of human blood and plasma and also during phase transition, a crucial event for establishment of the infection process. Additionally, we have cloned and expressed the gene encoding the hypothetical protein PAAG_08614 from Pb01. The transcript and protein expression were evaluated by qPCR e western-blot, respectively. PAAG_08614 is preferentially expressed in mycelium and during mycelium to yeast transition. This work constitutes the first large-scale characterization of the proteins of unknown functional from Paracoccidioides spp. and helps the functional assignment of hypothetical proteins, as well as the understanding of the data generated from structural and functional genome.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-02-06T18:00:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)eng
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-19T14:26:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)eng
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2015-02-19T14:26:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Paula Francinete Faustino da Silva - 2014..pdf: 2636030 bytes, checksum: 541cdc7c62049af013a9e3343fd197d1 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-30eng
dc.description.resumoAproximadamente 60% dos genes de Paracoccidioides ssp. codificam proteínas anotadas como proteínas hipotéticas ou proteínas preditas (HPs). Estudos Transcricionais revelaram 2.364 HPs foram expressas nas fases de micélio e levedura; durante a transição de micélio para levedura; e em condições que mimetizam as vias de infecção. Neste estudo, descrevemos uma detecção global e inferência funcional para as HPs de Paracoccidioides. Para essas análises foram utilizados métodos computacionais baseados na similaridade de sequência, procurar de peptídeos de sinais, presença de domínios de proteínas conhecidas e também uma classificação funcional baseada no Gene Ontology. Nossa análise permitiu a classificação das HPs em diferentes categorias funcionais, tais como o metabolismo, organização de organela, comunicação celular, localização de proteínas, ciclo celular, sinalização e diferenciação celular. Também realizamos uma análise de enriquecimento funcional dos transcritos expressos em diferentes condições de cultivo. Os domínios funcionais mais bem representados são os envolvidos na regulação da expressão gênica, o que sugere que estas proteínas estão envolvidas na regulação da resposta e adaptação do fungo às diferentes condições impostas pelo ambiente. A análise do perfil transcricional de seis HPs confirmou que elas são altamente expressas na presença de sangue e de plasma humano e também durante a fase de transição, um evento crucial para o estabelecimento do processo de infecção. Adicionalmente, o gene que codifica a proteína hipotética de PAAG_08614 de Pb01 foi clonado e expresso. A expressão dos transcritos e proteínas foram avaliadas por qPCR e western-blot, respectivamente. A PAAG_08614 é preferencialmente expressa na fase de micélio e durante a transição micélio para levedura. Este trabalho representa a primeira caracterização em grande escala das proteínas de função desconhecida de Paracoccidioides spp. e ajuda na atribuição funcional de proteínas hipotéticas, assim como uma melhor compreensão dos dados gerados a partir do genoma estrutural e funcional.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESeng
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEGeng
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPqeng
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationSILVA, P. F. F. Caracterização funcional de proteínas hipotéticas do fungo patogênico humano Paracoccidioides sp. 2014. 132 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular)–Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2014.eng
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/4169
dc.languageporeng
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáseng
dc.publisher.countryBrasileng
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)eng
dc.publisher.initialsUFGeng
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genetica e Biologia Moleculareng
dc.rightsAcesso Aberto
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectProteínas hipotéticaspor
dc.subjectParacoccidioides sp.por
dc.subjectCaracterização in silicopor
dc.subjectHypothetical proteinseng
dc.subjectParacoccidioides sp.eng
dc.subjectIn silico characteriza-tioneng
dc.subject.cnpqGENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSeng
dc.thumbnail.urlhttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/retrieve/16891/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20-%20Paula%20Francinete%20Faustino%20da%20Silva%20-%202014..pdf.jpg*
dc.titleCaracterização funcional de proteínas hipotéticas do fungo patogênico humano Paracoccidioides sp.eng
dc.title.alternativeFunctional characterization of hypothetical proteins of human pathogenic fungus Paracoccidioides sp.eng
dc.typeDissertaçãoeng

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