Identificação e caracterização de SNPs no genoma de Eugenia dysenterica DC. (Myrtaceae)

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dc.contributor.advisor-co1Telles, Mariana Pires de Campos
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4648436798023532por
dc.contributor.advisor1Coelho, Alexandre Siqueira Guedes
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0840926305216925por
dc.contributor.referee1Coelho, Alexandre Siqueira Guedes
dc.contributor.referee2Novaes, Evandro
dc.contributor.referee3Vianello, Rosana Pereira
dc.creatorNunes, Rhewter
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/6169806655018346por
dc.date.accessioned2016-09-01T13:43:15Z
dc.date.issued2015-12-18
dc.description.abstractThe cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), belonging to the Myrtaceae family, is a neotropical fruit tree species and native Brazilian Cerrado. As for the vast majority of neotropical species, very little is known about the genome of cagaiteira and genetic studies conducted so far are based on the use of a small number of molecular markers. In order to facilitate the development of genetic analysis studies in genomic scale for the species, this study aimed to identify and characterize variants of a single nucleotide (SNPs) in the genome of E. dysenterica using next-generation sequencing data. Genomic DNA libraries extracted from leaf tissue of five individuals of E. dysenterica, descendants of five distinct natural populations were subjected to sequencing on Illumina MiSeq platform, using the paired-end strategy (2x300). The sequences obtained were submitted to quality control examination to remove adapters and low quality regions. An assembly for the draft genome of E. dysenterica was produced by use of dipSPAdes program. To identify SNPs, after controlling for data quality, we performed the alignment of the assembly reads the draft with the BWA program and variants were identified using the platform of GATK tools. After three stages of filtration were identified 999,016 SNPs, with a Ts / Tv ratio equal to 1.86. We observed a density of one SNP every ~ 251 bases and most SNPs occurs in the context gene (59.79%). Most effects of putative SNPs identified are missense mutations (57.70%), but which have a low impact (0.74%). This work provides subsidies for the development of molecular markers for application in genomic studies of populations of E. dysenterica.por
dc.description.provenanceSubmitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-01T13:42:46Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
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dc.description.resumoA cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), pertencente à família Myrtaceae, é uma espécie vegetal neotropical, arbórea, frutífera e nativa do Cerrado brasileiro. Como ocorre para a grande maioria das espécies neotropicais, muito pouco se sabe sobre o genoma da cagaiteira e os estudos genéticos realizados até agora se fundamentam na utilização de um pequeno número de marcadores moleculares. A fim de viabilizar o desenvolvimento de estudos de análise genética em escala genômica para a espécie, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar variantes de um único nucleotídeo (SNPs) no genoma de E. dysenterica, utilizando dados de sequenciamento de nova geração. Bibliotecas de DNA genômico extraído de tecidos foliares de cinco indivíduos de E. dysenterica, descendentes de cinco populações naturais distintas, foram submetidas ao sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq, utilizando a estratégia de paired-end (2x300). As sequências obtidas foram submetidas à análise de controle de qualidade para remoção de adaptadores e de regiões de baixa qualidade. Um draft assembly para o genoma de E. dysenterica foi produzido pela utilização do programa dipSPAdes. Para a identificação de SNPs, após o controle de qualidade dos dados, foi realizado o alinhamento dos reads ao draft assembly com o programa BWA e as variantes foram identificadas utilizando-se as ferramentas da plataforma GATK. Após três etapas de filtragem foram identificados 999.016 SNPs, apresentando uma relação Ts/Tv igual a 1,86. Observou-se uma densidade de um SNP a cada ~251 bases e que a maior parte dos SNPs ocorre em contexto gênico (59,79%). A maior parte dos efeitos putativos dos SNPs identificados são de mutações do tipo missense (57,70%), mas que apresentam um baixo impacto (0,74%). Esse trabalho fornece subsídios para o desenvolvimento de marcadores moleculares para aplicação em estudos de genômica de populações de E. dysenterica.por
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpor
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationNUNES, R. Identificação e caracterização de SNPs no genoma de Eugenia dysenterica DC. (Myrtaceae). 2015. 82 f. Dissertação (Mestrado em Genetica e Melhoramentode Plantas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2015.por
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/6082
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspor
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.departmentEscola de Agronomia e Engenharia de Alimentos - EAEA (RG)por
dc.publisher.initialsUFGpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genetica e Melhoramentode Plantaspor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectGenômicapor
dc.subjectMarcadores molecularespor
dc.subjectDiversidadepor
dc.subjectCerradopor
dc.subjectCagaitapor
dc.subjectGenomicseng
dc.subjectMolecular markerseng
dc.subjectDiversityeng
dc.subjectCerradoeng
dc.subjectCagaitaeng
dc.subject.cnpqGENETICA::GENETICA VEGETALpor
dc.titleIdentificação e caracterização de SNPs no genoma de Eugenia dysenterica DC. (Myrtaceae)por
dc.title.alternativeIdentification and characterization of SNPs in the genome of Eugenia dysenterica DC. (Myrtaceae)eng
dc.typeDissertaçãopor

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