Identificação de assinaturas de seleção e variações no número de cópias em bovinos da raça Curraleiro Pé-Duro

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dc.contributor.advisor-co1Mascioli, Arthur dos Santos
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/6557055478323026eng
dc.contributor.advisor1Carmo, Adriana Santana do
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0782572407995106eng
dc.contributor.referee1Carmo, Adriana Santana do
dc.contributor.referee2Hellmeister Filho, Paulo
dc.contributor.referee3Freitas, Thais Miranda Silva
dc.creatorTeixeira, Ana Lúcia Coutinho
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/6456678642134161eng
dc.date.accessioned2020-03-24T10:52:16Z
dc.date.issued2020-02-27
dc.description.abstractThe use of new molecular technologies in animal production has grown significantly in recent years, as it allows us to understand the genetic architecture of the traits of interest. Thus, the present work aimed to identify the selection signatures and the copy number variations (CNVs) present in Curraleiro Pé-Duro (CPD), in order to identify genes related to the productive and adaptive capacity of this breed. For this purpose, Illumina® BovineHD BeadChip genotypes of 120 CPD cattle from 20 different properties were used. For selection signature detection, the quality control of SNPs was performed based on the SNP and sample call rate equal to or greater than 90% and SNPs with minor allelic frequency less than 3% using the software Plink. The construction of chromosomal haplotypes was performed using the Beagle software. Signatures were identified by the following methodologies: Haplotype Integration Score (iHS), Extended Haplotype Homozygosis (EHH) and Long Range Haplotype Test (LRH). The identification of CNVs was performed using PennCNV software, adjusting the Guanine and Cytosine (GC) content of a 500 base pair (bp) genomic window. Quality control was performed using LRR standard deviation less than 0.3, BAF standard deviation less than 0.01 and wave factor less than 0.05, samples with more than 150 CNVs and markers smaller than 5,000 bp has been removed. The identification of selection signatures proved to be effective in identifying genomic regions associated with production traits, and they are mainly related to adaptability, as they are related to thermotolerance and disease resistance. CNVs are in regions of the genome that harbor genes related to thermotolerance, reproduction and negative energy balance. The results found in both studies reinforce regions of the BTA 20 chromosome as potential candidates for the selection of these characteristics.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2020-03-24T10:37:48Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Lúcia Coutinho Teixeira - 2020.pdf: 792986 bytes, checksum: e1e2d02b84c02a1b887943e77843b40d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)eng
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dc.description.resumoA utilização de novas tecnologias moleculares na produção animal tem crescido significativamente nos últimos anos, já que permitem entender a arquitetura genética das características de interesse. Sendo assim, no presente trabalho objetivou-se identificar as assinaturas de seleção e as variações no número de cópias (CNVs) presentes no Curraleiro Pé-Duro (CPD), com o intuito de identificar os genes relacionados à capacidade produtiva e adaptativa dessa raça. Para tanto foram utilizados Illumina® BovineHD BeadChip de 126 bovinos CPD, provenientes de 20 propriedades distintas. Para a detecção de assinatura de seleção, o controle de qualidade dos SNPs foi realizado com base na taxa de determinação de SNP e amostra igual ou superior a 90% e SNPs com frequência alélica menor inferior a 3% utilizando o programa Plink versão 2.0. A construção dos haplótipos cromossômicos foi realizada utilizando o programa Beagle. A identificação das assinaturas foi realizada pelas metodologias: Escore de Integração dos Haplótipos (iHS), Homozigose do Haplótipo Estendido (EHH) e teste de haplótipos de longo alcance (LRH). Para a identificação de CNVs, foi feita por meio do software PennCNV, com ajuste para o conteúdo de Guanina e Citosina (GC) de uma janela genômica de 500 pares de base (pb). O controle de qualidade foi realizado usando desvio padrão de LRR inferior a 0,3, desvio padrão de BAF inferior a 0,01 e fator de ondulação inferior a 0,05, amostras que apresentaram mais de 150 CNVs e marcadores com tamanho menor do que 5 mil pb foram removidos. A identificação de assinaturas de seleção, mostrou-se como efetiva na identificação de regiões genômicas associadas as características de produção, sendo as mesmas relacionadas principalmente a adaptabilidade, pois apresentam genes responsáveis ligados a termotolerancia e resistência a doenças. Os CNVs estão em regiões do genoma que abrigam genes relacionados com termotolerância, reprodução e balanço energético negativo. Os resultados encontrados em ambos os estudos reforçam regiões do cromossomo BTA 20 como potenciais candidatos para a seleção dessas características.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESeng
dc.formatapplication/pdf*
dc.identifier.citationTEIXEIRA, A. C. Identificação de assinaturas de seleção e variações no número de cópias em bovinos da raça Curraleiro Pé-Duro. 2020. 32 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2020.eng
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/10464
dc.languageporeng
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáseng
dc.publisher.countryBrasileng
dc.publisher.departmentEscola de Veterinária e Zootecnia - EVZ (RG)eng
dc.publisher.initialsUFGeng
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Zootecnia (EVZ)eng
dc.rightsAcesso Aberto
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectAdaptabilidadepor
dc.subjectEHHpor
dc.subjectiHSpor
dc.subjectRaças localmente adaptadaspor
dc.subjectResistênciapor
dc.subjectEHHeng
dc.subjectiHSeng
dc.subjectLocally adapted breedseng
dc.subjectAdaptabilityeng
dc.subject.cnpqPRODUCAO ANIMAL::CRIACAO DE ANIMAISeng
dc.titleIdentificação de assinaturas de seleção e variações no número de cópias em bovinos da raça Curraleiro Pé-Duroeng
dc.title.alternativeIdentification of selection signatures and variations in the number of copies in Curraleiro Pé-Duro cattleeng
dc.typeDissertaçãoeng

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