Caracterização de microssatélites e desenvolvimento de marcadores SSR em khaya grandifoliola C. DC

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dc.contributor.advisor-co1Soares, Thannya Nascimento
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5590256762396056pt_BR
dc.contributor.advisor1Novaes, Evandro
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0568272239145336pt_BR
dc.contributor.referee1Novaes, Evandro
dc.contributor.referee2Coelho, Alexandre Siqueira Guedes
dc.contributor.referee3Soares, Thannya Nascimento
dc.contributor.referee4Guimaraes, Rejane Araujo
dc.creatorSousa, Rodrigo Carlos Batista de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/8898830920015203pt_BR
dc.date.accessioned2020-09-14T15:36:50Z
dc.date.available2020-09-14T15:36:50Z
dc.date.issued2019-11-26
dc.description.abstractAfrican mahogany (Khaya spp.) cultivation attracts increasing interest from producers, since their wood has similar characteristics to those of Brazilian mahogany with high commercial value in the European market. Despite its timber value throughout the world and its ecological importance in Africa, where it is classified as vulnerable to extinction, little is known about the species' levels of genetic diversity. Thus, this work aims to identify and characterize microsatellite regions in the transcriptome of Khaya grandifoliola, as well as to develop markers for studies of the genetic variability of the species. From the transcripts developed by Soares et al., (2019), microsatellite regions were identified and PCR primers were designed. Microsatellite sequences were classified according to the type and number of repetitions, as well as their location within transcripts. Using the microsatellite loci genetic parameters were estimated, such as the number of alleles per loci (K), expected and observed heterozygosity (He and Ho), intrapopulational fixation index (f), probability of exclusion of paternity and of identity (PE and PI). Within the African Mahogany transcripts, 37,925 microsatellite regions were detected, with 54% being mononucleotides, 29% dinucleotides and 15% trinucleotides. From 40 microsatellite loci, 12 were selected for labelling with fluorophores (6-FAM and HEX), forming two multiplex panels. The genotyping performed with the individuals identified an average of 3 alleles per locus. The expected (He = 0.53) and observed heterozygosity (Ho = 0.50) values used to estimate the genetic diversity in K. grandifoliola individuals were reasonable, given the low number of alleles per locus. The values found for PE (0.96) and PI (4.70x10-6) were similar to those found in studies of the same genus. Thus, these estimates indicate that the set of microsatellite markers is efficient in discriminating individuals. The SSR markers were also successfully transferred to other Khaya species. Therefore, these markers can be efficiently used in population studies with K. grandifoliola and other Khaya species.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2020-09-14T12:47:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rodrigo Carlos Batista de Sousa - 2019.pdf: 2778842 bytes, checksum: 72a9d20f81d971bae730dba42c6548a7 (MD5) license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5)en
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dc.description.resumoO cultivo de mognos-africanos (Khaya spp.) vem atraindo cada vez mais interesse dos produtores rurais, pois sua madeira possui características semelhantes às do mogno-brasileiro, com elevado valor comercial no mercado europeu. Apesar do seu valor madeireiro ao longo do mundo e da sua importância ecológica na África, onde se encontra classificada como vulnerável à extinção, pouco se sabe sobre os níveis de diversidade genética das espécies. Desta forma, este trabalho tem o objetivo de identificar e caracterizar regiões microssatélites no transcritoma de Khaya grandifoliola, bem como desenvolver marcadores para estudos de variabilidade genética da espécie. A partir dos transcritos desenvolvidos por Soares et al., (2019), foram identificadas as regiões microssatélites e assim realizado o desenho dos primers. As sequências microssatélites foram classificados quanto ao tipo e número de repetições, assim como sua localização dentro dos transcritos. Com base nos locos microssatélites, foram estimados o número de alelos por loco (K), heterozigozidade esperada e observada (He e Ho), índice de fixação intrapopulacional (f), probabilidade de exclusão de paternidade e de identidade (PE e PI). Através dos transcritos de Mogno africano, foram detectadas 37.925 regiões microssatélites, sendo 54% mononucleotídeos, 29% dinucleotídeos e 15% trinucleotídeos. A partir de 40 locos microssatélites, foram selecionados 12 para marcação com fluoróforos (6-FAM e HEX), formando dois painéis multiplex. A genotipagem realizada com os indivíduos identificou média de 3 alelos por loco. Os valores de heterozigozidade esperada (He= 0,53) e observada (Ho =0,50) utilizados para estimar a diversidade genética nos indivíduos de K. grandifoliola apresentaram-se razoáveis, levando em conta o baixo número de alelos por loco. Os valores encontrados para PE (0,96) e PI (4,70x10-6) foram semelhantes aos encontrados em estudos do mesmo gênero. Desta forma, estes valores indicam que o conjunto de marcadores microssatélites é eficiente na discriminação dos indivíduos. Os marcadores SSR também foram transferidos com sucesso para outras espécies do gênero Khaya. Sendo assim, esses marcadores poderão ser utilizados com eficiência em estudos populacionais de K. grandifoliola e outras espécies de Khaya.pt_BR
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpt_BR
dc.identifier.citationSOUSA, R. C. B. Caracterização de microssatélites e desenvolvimento de marcadores SSR em khaya grandifoliola C. DC. 2019. 58 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2019.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/10691
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentEscola de Agronomia - EA (RG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Genética e Melhoramento de Plantas (EA)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectClonepor
dc.subjectMicrossatélitepor
dc.subjectDiversidade genéticapor
dc.subjectGenotipagempor
dc.subjectMicrosatelliteeng
dc.subjectGenetic diversityeng
dc.subjectGenotypingeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::CIENCIA DO SOLOpt_BR
dc.titleCaracterização de microssatélites e desenvolvimento de marcadores SSR em khaya grandifoliola C. DCpt_BR
dc.title.alternativeCharacterization of microssatellites and development of SSR markers in khaya grandifoliola C. DCeng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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