Marcadores moleculares na identificação de corridas de homozigose e endogamia nas raças curraleiro pé-duro e pantaneiro

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dc.contributor.advisor-co1Magnabosco, Claudio Ulhoa
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/1852112832119187pt_BR
dc.contributor.advisor-co2Rey, Fernando Sebastián Baldi
dc.contributor.advisor-co2Latteshttp://lattes.cnpq.br/2142265309634106pt_BR
dc.contributor.advisor1Carmo, Adriana Santana do
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0782572407995106pt_BR
dc.contributor.referee1Carmo, Adriana Santana do
dc.contributor.referee2Freitas, Thais Miranda Silva
dc.contributor.referee3Leite, Carla Daniela Suguimoto
dc.creatorSantos, Marcelo Fernandes dos
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/5984183950440725pt_BR
dc.date.accessioned2022-02-23T19:41:11Z
dc.date.available2022-02-23T19:41:11Z
dc.date.issued2021-11-25
dc.description.abstractThe runs of homozygosity (ROHs) can be used to estimate more accurate population parameters and genomic regions under selection in different species and breeds. Therefore, this approach can be used in locally adapted breeds to identify genes of economic interest and estimate autozygosity, enabling the optimization of selection and mating strategies and mitigating their extinction risk. The objective of this work is to identify and characterize the ROHs present in locally adapted breeds Curraleiro Pé-Duro (CPD) and Pantaneiro (PANT) in order to identify genes under selection and estimate their inbreeding coefficient (FROH). The ROHs were identified in 126 and 35 animals of the CPD and PANT breeds, respectively, with data from 54,000 SNP markers. For the identification of ROHs, the following criteria were used: a) sliding window of 50 SNPs, b) minimum number of 100 consecutive SNPs in each ROH, c) minimum length of 1 Mb, c) maximum interval between homozygous consecutive SNPs of 0, 5 Mb, d) maximum of five SNPs with absent genotypes, 1083 and 140 ROHs were found in the CPD and PANT breeds, respectively, and that the predominant pattern of ROHs in the studied breeds are those of medium to long size, which demonstrates recent events of autozygosity. Six islands of homozygosity were identified in both breeds on autosomal chromosomes 6, 8, 10, 13, 14 and 17. Genes and QTLs previously related to traits of interest are located in the segments found, highlighting QTLs associated with production and quality traits of milk (57%), as those involved in the content of proteins such as caseins and genes associated with the immune system, such as the genes of the beta defensin family. The estimated inbreeding coefficient showed that both breeds have low autozygosity (2-4%), which differs from what is expected for populations with a reduced genetic base such as those studied. The present work identified six homozygous islands in common in the Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro breeds, located in genomic regions previously reported to be associated with characteristics of economic interest, such as disease resistance and milk protein content, which can be considered candidate regions the selection. The inbreeding coefficient estimated based on the ROHs showed that inbreeding is low (2 to 4%) in the studied populations, diverging from what was expected in small populations.eng
dc.description.provenanceSubmitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2022-02-23T18:29:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcelo Fernandes dos Santos - 2021.pdf: 1172144 bytes, checksum: f1fb4c0c19e611f359ba7e51ab6528dd (MD5) license_rdf: 805 bytes, checksum: 4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347 (MD5)en
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dc.description.resumoAs corridas de homozigose (ROHs - runs of homozygosity) podem ser utilizadas para estimar parâmetros populacionais mais precisos e regiões genômicas sob seleção em diferentes espécies e raças. Sendo assim, essa abordagem pode ser usada em raças localmente adaptadas para identificar genes de interesse econômico e estimar autozigosidade possibilitando a otimização das estratégias de seleção e acasalamento e mitigando o seu risco de extinção. O objetivo do presente trabalho é identificar e caracterizar as ROHs presentes nas raças localmente adaptadas Curraleiro Pé-Duro (CPD) e Pantaneiro (PANT) com o intuito de identificar genes sob seleção e estimar seu coeficiente de endogamia (FROH). As ROHs foram identificadas em 126 e 35 animais das raças CPD e PANT, respectivamente, com dados de 54.000 marcadores SNP. Para a identificação das ROHs foram utilizados os seguintes critérios: a) janela deslizante de 50 SNPs, b) número mínimo de 100 SNPs consecutivos em cada ROH, c) comprimento mínimo de 1 Mb, c) intervalo máximo entre SNPs homozigotos consecutivos de 0,5 Mb, d) máximo de cinco SNPs com genótipos ausentes, Foram encontradas 1083 e 140 ROHs nas raças CPD e PANT, respectivamente, e que o padrão predominante de ROHs nas raças estudadas são as de tamanho médio a longo o que demonstra eventos recentes de autozigosidade. Foram identificadas seis ilhas de homozigose em ambas as raças nos cromossomos autossômicos 6, 8, 10, 13, 14 e 17. Genes e QTLs previamente relacionados com características de interesse estão localizados nos segmentos encontrados, podendo destacar QTLs associados à características de produção e qualidade de leite (57%), como os envolvidos no teor de proteínas como as caseínas e genes associados ao sistema imune, como os genes da família de beta defensinas. O coeficiente de endogamia estimado demonstrou que ambas as raças apresentam baixa autozigosidade (2-4%), o que difere do esperado para populações de base genética reduzida como as estudadas. O presente trabalho identificou seis ilhas de homozigose em comum nas raças Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro, localizadas em regiões genômicas previamente relatadas como associadas a características de interesse econômico, como resistência a doenças e teor de proteína no leite e que podem ser consideradas regiões candidatas à seleção. O coeficiente de endogamia estimado com base nas ROHs, demonstrou que a endogamia é baixa (2 a 4%) nas populações estudadas, divergindo do esperado em pequenas populações.pt_BR
dc.description.sponsorshipOutropt_BR
dc.identifier.citationSANTOS, M. F. Marcadores moleculares na identificação de corridas de homozigose e endogamia nas raças curraleiro pé-duro e pantaneiro. 2021. 49 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2021.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/11901
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Goiáspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentEscola de Veterinária e Zootecnia - EVZ (RG)pt_BR
dc.publisher.initialsUFGpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Zootecnia (EVZ)pt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectAdaptabilidadepor
dc.subjectAssinatura de seleçãopor
dc.subjectGenômicapor
dc.subjectRaças localmente adaptadaspor
dc.subjectAdaptabilityeng
dc.subjectSignature selectioneng
dc.subjectGenomicseng
dc.subjectLocally adapted breedseng
dc.subject.cnpqCIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::PRODUCAO ANIMALpt_BR
dc.titleMarcadores moleculares na identificação de corridas de homozigose e endogamia nas raças curraleiro pé-duro e pantaneiropt_BR
dc.title.alternativeMolecular markers in the identification of homozygose and inbreeding races in the hardfoot and pantaneiro curraleiro breedseng
dc.typeDissertaçãopt_BR

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