Análise in silico do papel do receptor imune TREM-1 na infecção pelos Norovírus murino e humano

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dc.contributor.advisor-co1Sales, Marcelle Figueira Marques da Silva
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0477630359032513
dc.contributor.advisor1Campos, Helioswilton Sales de
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/1386621024118393
dc.contributor.referee1Campos, Helioswilton Sales de
dc.contributor.referee2Dias, Fátima de Rivero
dc.contributor.referee3Silva, Marcos Vinicius da
dc.creatorColmenares, Mike Telemaco Contreras
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/8690658116837633
dc.date.accessioned2024-02-28T10:46:45Z
dc.date.available2024-02-28T10:46:45Z
dc.date.issued2024-01-22
dc.description.abstractIn humans, Norovirus (NoV) is one of the main causes of acute diarrheal disease (ADD). Due to the limitations of NoV cultivation, some molecular aspects of its interaction with the host's immune system remain unknown. The triggering receptor expressed on myeloid cells 1 (TREM-1) is associated with the amplification of inflammatory responses and the progression of infections, including viral infections. Thus, we believe that TREM-1 may be involved in the NoV infection. Initially, we investigated the expression of Trem1 and the genes involved in its pathway, in transcriptomic data bank of public domain. In experimental infection with murine Norovirus (MNoV), the expression of Trem1 was increased. We also observed that there is a co-expression of Trem1 and genes involved in the pyroptosis pathway, when compared to those in the apoptosis pathway. The in silico protein-protein interactions were assessed by molecular docking simulations between the Ig-like domain of murine TREM-1 and the P domain of the MNoV VP1 protein. The murine TREM-1 recognized the conserved C´-D´ antigen that is present in the murine VP1. In this regard, and based on phylogenetic criteria, different structures of the VP1 protein of NoV GII.4 strains from different years (1987, 2010, 2012, 2014, 2016 and 2019) were modeled. We performed docking and molecular dynamics (MD) simulations to determine the in silico interaction between the VP1 protein of NoV GII.4 and the Iglike domain of human TREM-1. The DM simulations suggest that there is a basic interaction between human TREM-1 and the NoV VP1 protein, regardless of the year of isolation. Interestingly, we observed changes in the participation of the different complementarity determining regions (CDRs) of TREM-1 when interacting with the domains of the VP1 protein, highlighting the participation of CDR3. Our data strongly suggests the involvement of TREM-1 in the recognition of NoV and its participation in the physiopathology of ADD caused by NoV.eng
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dc.description.resumoEm humanos, o Norovírus (NoV) é uma das principais causas da doença diarreica aguda (DDA). Devido às limitações do cultivo do NoV, alguns aspectos moleculares de sua interação com o sistema imune do hospedeiro são desconhecidos. O triggering receptor expressed on myeloid cells 1 (TREM-1) está associado à amplificação de respostas inflamatórias e à progressão de infecções, inclusive em algumas doenças virais. Assim, acreditamos que o TREM-1 pode estar envolvido na infecção pelo NoV. Inicialmente, pesquisamos a expressão de Trem1 e os genes envolvidos na sua via de ativação, em dados de transcriptômica disponibilizados em bancos de acesso públicos. Em modelos de infeção experimental com Norovírus murino (MNoV), a expressão de Trem1 estava aumentada. Também observamos que existe uma co-expressão do Trem1 com genes envolvidos na via de piroptose, quando comparado a aqueles da via de apoptose. Diante disso, a interação proteína-proteína in silico foi avaliada mediante ensaios de docking molecular entre o domínio Ig-like de TREM-1 murino com o domínio P da proteína VP1 do MNoV. O TREM-1 murino reconheceu a alça antigênica C´-D´ conservada que está presente na proteína VP1 do MNoV. Dessa forma, e com base em critérios filogenéticos, diferentes estruturas da proteína VP1 das cepas NoV GII.4 de diferentes anos (1987, 2010, 2012, 2014, 2016 e 2019) foram modeladas. Foram realizadas simulações de docking e dinâmica molecular (DM) para determinar a interação in silico entre a proteína VP1 do NoV GII.4 e o domínio Ig-like do TREM-1 humano. Por fim, foram determinadas as características energéticas dessas interações em servidores on-line. As simulações de DM sugerem que ocorre interação estável entre o TREM-1 humano e a proteína VP1 de NoV, independentemente do ano de isolamento. De forma interessante, observou-se mudança na participação das diferentes regiões determinantes de complementariedade (CDRs) do TREM-1 quando interagiam com os domínios da proteína VP1, destacando principalmente a participação do CDR3. Nossos dados sugerem fortemente o envolvimento do TREM-1 no reconhecimento do NoV e a sua participação na fisiopatologia da DDA provocada por NoV.
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
dc.identifier.citationCOLMENARES, Mike Telemaco Contreras. Análise in silico do papel do receptor imune TREM-1 na infecção pelos Norovírus murino e humano. 2024. 107 f. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Parasito-Hospedeiro) - Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública, Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2024.
dc.identifier.urihttp://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/13280
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal de Goiás
dc.publisher.countryBrasil
dc.publisher.departmentInstituto de Patologia Tropical e Saúde Pública - IPTSP (RMG)
dc.publisher.initialsUFG
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Biologia da Relação Parasito-Hospedeiro (IPTSP)
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalen
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectNorovíruspor
dc.subjectTREM-1por
dc.subjectDocking molecularpor
dc.subjectImunidade inatapor
dc.subjectInflamaçãopor
dc.subjectMolecular dockingeng
dc.subjectInnate immunityeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA
dc.titleAnálise in silico do papel do receptor imune TREM-1 na infecção pelos Norovírus murino e humano
dc.title.alternativeIn silico analysis of the role of the TREM-1 immune receptor in murine and human Norovirus infectioneng
dc.typeDissertação

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Mestrado em Biologia da Relação Parasito-Hospedeiro (IPTSP)